El incremento de las enfermedades infecciosas a nivel global son uno de los mayores desafíos para la comunidad científica internacional. Dentro de este grupo, las enfermedades transmitidas por vectores (ETVs), la posible emergencia de nuevos patógenos de enfermedades zoonóticas hasta ahora desconocidas, o la reemergencia de otros que se creían controlados, son actualmente una de las mayores preocupaciones de la humanidad. En Colombia, las ETVs son consideradas un problema prioritario de salud pública. En el año 2020 un total de 158.388 casos de ETVs fueron reportados, de estos 79.310 correspondieron a casos de arbovirosis transmitidos por Ae. aegypti, mientras que 79.078 se distribuyeron entre malaria, leishmania y enfermedad de Chagas. De igual manera, los profundos cambios ecológicos que provoca la antropización acelerada del paisaje aumentan el contacto de los humanos y sus animales de compañía con la fauna silvestre, propiciando condiciones para la ocurrencia de focos de nuevas infecciones. Los departamentos del Casanare y Meta en los llanos orientales colombianos conforman una zona de confluencia de condiciones ecológicas, ambientales y sociales que explican los reportes de casos de ETVs de esta zona. De igual manera, en ambos departamentos se presenta una fuerte explotación mineroenergética y una rápida expansión de la frontera agrícola provocada por el sector agroindustrial. Ante la complejidad de este panorama, es necesario el fortalecimiento institucional de los programas de control de ETVs de ambos departamentos, así como de las capacidades científicas locales que permitan un mejoramiento de las estrategias de vigilancia de enfermedades infecciosas. El objetivo de la siguiente propuesta es implementar la detección de microorganismos causales de ETVs (Chagas, Leishmania, Arbovirosis y Malaria) y emergentes en la región de la Orinoquía colombiana en hospederos y vectores silvestres mediante aproximación metagenómica y detección mediante PCR en tiempo real, respectivamente. Para esto se llevarán a cabo cuatro componentes que se integrarán horizontalmente durante el desarrollo de la propuesta: (i) estudio de campo espacio-temporal en áreas conservadas e intervenidas en los municipios de Puerto López y Puerto Gaitán (Meta) y Yopal y Maní (Casanare), para la toma de muestras de vectores de ETVs y mamíferos voladores y no voladores. Adicionalmente, se realizará un estudio entomológico en áreas urbanas para la recolección de Ae. aegypti y vectores de otras ETVs presentes. (ii) Evaluación de la infección natural de los vectores a través de biología molecular tipo PCR e identificación de microorganismos patógenos o potencialmente patógenos en hospederos a través de una aproximación metagenómica. (iii) Fortalecimiento institucional mediante la transferencia tecnológica y capacitaciones en bio-informática y biología molecular a las instituciones de Educación Superior y programas de control de ETVs de cada departamento. Como estrategia de sostenibilidad de estas acciones se realizará la vinculación y/o formación de 2 estudiantes de Doctorado y 3 estudiantes de Maestría de la región a impactar. De esta manera la propuesta proporcionará información integral para los programas de control que les permita la toma de decisiones acorde con la realidad de los diferentes escenarios de transmisión y el potencial riesgo de agentes emergentes en los llanos orientales colombianos. Todo lo anterior, en el marco de la ejecución de rutas integrales, acciones individuales y estrategias de entornos saludables de las ETVs, establecidas por el Ministerio de Salud y Protección Social.